با توجه به وجود خيل عظيم نرم افزارهاي گروه علوم پزشكي و لزوم طبقه بندي آنها و ايجاد بستر مناسب براي استفاده دانشجويان و اساتيد مركز نرم افزارهاي علوم پزشكي براي استفاده و معرفي نرم افزارهاي در حال راه انداري هست .
راه اندازي مركز مشاوره آنلاين به منظور رسيدگي به مشكلات دانشجويان و آموزش راه هاي موفقيت و بررسي توانايي هاي رواني دانشجويان يكي از طرح هاي در دست اقدام مركز آموزش هاي مجازي دانشگاه علوم پزشكي زنجان مي باشد .
سامانه الي و درگاه ورودي تمام مراكز آموزش مجازي دانشگاه علوم پزشمي زنجان نصب و راه اندازي گرديد . اين سامانه جزو قويترين نرم افزارهاي اداره مراكز آموزش مجازي مي باشد و داراي قابليت هاي بسيار فراواني مي باشد .
سيستم مديريت يادگيري LMS با راه اندازي يكي از بهترين و جامعترين سيستم هاي در حال حاضر با رعايت تمام استانداردها فعال شده است . در حال حاضر چندين درس در اين مركز وجود دارد .